Обновление Astra Linux Special Edition необходимо выполнять от имени учетной записи пользователя с полномочиями администратора системы с высоким уровнем целостности.
С начало необходимо скачать образ диска с обновлениями с сайта astralinux.ru и поместить его в папку /mnt.
Вставить в дисковод установочный диск и в Synaptic включить репозитрий с установочного диска и отключить остальные.
Далее необходимо смонтировать скаченный образ выполнив следующие команды:
sudo mount /mnt/20200327SE16.iso /media/cdrom
sudo apt-cdrom add
И выполнить обновление командами:
sudo -s
apt update
apt dist-upgrade
apt -f install
exit
Обязательно apt dist-upgrade, а не apt upgrade !!!
После выполнения обновления необходимо перезагрузить систему.