Если вдруг рабочий стол начал отображает содержимое другой папки,

необходимо проверить файл

/home/username/.config/user-dirs.dirs

Сначала необходимо включить отображение скрытых файлов и папок, для этого в верхнем меню менеджера файлов выбираем "Вид" и отмечаем "Отображать скрытые".

А затем находим нужный нам файл и открываем его.

Он должен иметь вот такой вид:

# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
#
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Рабочий стол"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Загрузки"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Шаблоны"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Общедоступные"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Документы"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Музыка"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Изображения"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Видео"

В данном примере ошибка была тут.

Правим ошибку и перезагружаем компьютер.